Идем на страницу пополнения баланса карты Подорожник:
http://ispp.spbmetropoliten.ru/
и в Он-лайн пополнение проездного билета, выбираем Тип электронного билета: Электронный кошелек - БСК Подорожник, вбиваем номер БСК, сумму пополнения.
Выбираем вариант оплаты: QIWI-кошелек, и вбиваем свой мобильный телефон. Нажимаем на кнопку: Оплатить.

Появится окно: Он-лайн пополнение проездного билета ГУП "Петербургский метрополитен".

Ставим галки: Я не робот (если вы не робот), и Я согласен с условиями Оферт и нажимаеем на кнопку: Зарегистрироваться.

Далее, вводим пароль (не менее 8 символов), цифры и буквы латинского алфавита. Вводим пароль повторно. Срок действия нового пароля: 1 месяц.

Вбиваем полученный код из СМС, полученного на номер мобильного телефона, который мы указывали при регистрации. Если он не пришел, нажимаем на: Отправить код повторно.

Нажимаем на кнопку: Подтвердить.

Вбиваем номер мобильного телефона и пароль. Нажимаем на кнопку: Продолжить.

Запрос статуса идентификации.

Оплата банковской картой:

Оплата Visa Qiwi Wallet:

Но для оплаты через Visa Qiwi Wallet на рублевом счету должен быть положительный баланс (с учетом взимаемых % комиссий).
Как пополнить счет читаем здесь.